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技術(shù)文章

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細(xì)菌基因組測序服務(wù)

更新時(shí)間:2019-02-20點(diǎn)擊次數(shù):2603

產(chǎn)品介紹

細(xì)菌基因組測序,可分為細(xì)菌基因組de novo測序和細(xì)菌基因組重測序兩類。細(xì)菌基因組de novo測序,即從頭測序是指不需要任何現(xiàn)有的序列信息就可以對某個(gè)細(xì)菌物種進(jìn)行測序,利用生物信息學(xué)分析手段對序列進(jìn)行拼裝,從而獲得該細(xì)菌物種的基因組序列。細(xì)菌基因組重測序是對已有參考序列(Reference Sequence)的物種的不同個(gè)體進(jìn)行基因組測序,并以此為基礎(chǔ)進(jìn)行個(gè)體或群體水平的差異性分析。可關(guān)注大量的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SNP)、插入缺失(InDel, Insertion/Deletion)、結(jié)構(gòu)變異(Structure Variation,SV)等變異信息。細(xì)菌基因組測序可以預(yù)測重要基因和蛋白以了解其功能和可能機(jī)制,已取代傳統(tǒng)方法成為研究細(xì)菌進(jìn)化遺傳機(jī)制、關(guān)鍵功能基因的重要工具。

根據(jù)不同的研究目的和需求,細(xì)菌基因組測序可具體分為以下產(chǎn)品: 
細(xì)菌重測序
構(gòu)建小片段文庫,深度測序,基于已知參考基因組關(guān)注基因組變異情況(包括SNP和InDel等),可進(jìn)行群體研究。 
細(xì)菌denovo測序
細(xì)菌框架圖:構(gòu)建小片段文庫,采用高深度測序(100X)和初級的基因組從頭組裝策略,可滿足細(xì)菌基因組研究的基礎(chǔ)需求。 
細(xì)菌精細(xì)圖:構(gòu)建大片段和小片段文庫,采用高深度測序(150X)和針對性的基因組從頭組裝策略,是目前細(xì)菌基因組研究的主導(dǎo)產(chǎn)品。 
細(xì)菌完成圖:根據(jù)待測菌株具體情況量身定制*策略,構(gòu)建不同大小片段及類型文庫,綜合利用多種高通量測序技術(shù)及組裝技術(shù),終組裝得到一條完整的基因組序列(1 Contig,0 gap),是細(xì)菌基因組測序從頭組裝的高標(biāo)準(zhǔn)。 
流程圖

結(jié)果示例

案例分析
案例:耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)全基因組測序揭示其傳播機(jī)制及系統(tǒng)發(fā)育 
Genome sequencing defines phylogeny and spread of methicillin-resistant Staphylococcus aureus in a high transmission setting. Genome Res. 2015 January; 25(1): 111–118.

 

 

耐甲氧西林金黃色葡萄球菌(MRSA)是一種常見的引發(fā)醫(yī)院內(nèi)感染的致病菌,本研究對泰國東北部一家醫(yī)院分離出的79株菌進(jìn)行了全基因組測序,繪制了該菌的系統(tǒng)發(fā)育樹,并發(fā)現(xiàn)了多個(gè)不同進(jìn)化支,據(jù)此推理出感染病人之間的MRAS傳播途徑。
技術(shù)參數(shù)

產(chǎn)品

測序策略

交付指標(biāo)

周期

細(xì)菌重測序

HiSeq/MiSeq, 500bp文庫

≥100X

40個(gè)工作日

細(xì)菌框架圖

HiSeq/MiSeq, 500bp文庫

≥100X

35個(gè)工作日

細(xì)菌精細(xì)圖

HiSeq/MiSeq, 500bp+6K文庫

≥150X 
(小片段100X, 大片段50X) 
1-7M: Scaffold<25個(gè) 
7-10M: Scaffold<45個(gè)

45個(gè)工作日

細(xì)菌完成圖

多測序平臺(tái)及多類型文庫

1 Contig, 0gap

75個(gè)工作日

樣品要求

樣品類型

檢測方法

總量

濃度

其他要求

DNA

Qubit、AGE

小片段文庫:≥ 1.5μg 
大片段文庫:≥20μg 
PCR-free :≥10μg

小片段文庫: > 50ng/μL 
大片段文庫: > 133 ng/μL 
PCR-free : ≥30 ng/μL

OD260/280= 1.8~2.0

服務(wù)流程

1、提交項(xiàng)目課題相關(guān)需求和資料。

2、與我們的專業(yè)技術(shù)團(tuán)隊(duì)討論項(xiàng)目細(xì)節(jié)。

3、根據(jù)討論后的意見對實(shí)驗(yàn)方案進(jìn)行修改。

4、雙方均滿意并達(dá)成一致,簽訂技術(shù)服務(wù)合同。

5、開展實(shí)驗(yàn),按期完成合同規(guī)定的內(nèi)容。

6、結(jié)題,提供實(shí)驗(yàn)原始結(jié)果和分析結(jié)果、實(shí)驗(yàn)流程、實(shí)驗(yàn)條件等等。

我們的優(yōu)勢

1、適用于單細(xì)胞、微量細(xì)胞樣品。

2、數(shù)據(jù)質(zhì)量高、偏差小、高度均一。

3、高通量,單個(gè)樣本可達(dá)30-100X的測序深度和數(shù)據(jù)產(chǎn)出量。

4、*的覆蓋度,能檢測到90%以上的SNP位點(diǎn)信息。

5、檢測靈敏度和準(zhǔn)確度高。

6、能夠全面發(fā)掘新的和稀有的遺傳變異

咨詢與訂購

感謝您選擇我們的服務(wù),如果您有任何問題,請聯(lián)系我們,我們將竭誠為您解答和服務(wù)。

 

 

聯(lián)系方式

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